Ettevaatusabinõud PCR-tuubi jaoks

kruntvärv

Praimerid on PCR-reaktsiooni õnnestumise või ebaõnnestumise võti. Võimendi täpsuse ja tõhususe tagamiseks tuleks praimerite kujundamisel järgida järgmisi põhimõtteid:

Sama geenijärjestuse erinevates piirkondades saab hankida, otsides NCBI tarkvara kaudu sama geenide järjestust erinevatest liikidest

Praimeri pikkus: 15-28bp, pikem kui 38 bp, suurendab anniilimistemperatuuri, mis ei soodusta tavalise Taq ensüümi võimendamist

Praimerite GC sisaldus on 40 protsenti - 60 protsenti ja TM väärtus on parim 72 kraadi lähedal

Koodoni degeneratsiooni tõttu peaks praimeri 3' ots vältima koodoni kolmandat positsiooni (eelistatavalt T)

Põhijaotus on hajutatud, 3' otsas ei ole rohkem kui 3 järjestikust g või C

Krunt ise ei tohiks moodustada juuksenõela struktuuri. Pärast kruntvärvi kujunduse valmimist tuleks seda kontrollida lööklaine abil